از مهم ترين روش هاي نگهداري شير استفاده از حرارت است كه به تنهايي و يا به كمك روش هاي نگهداري سرد و يا نگهداري در شرايط  بدون اكسيژن موجب افزايش ماندگاري شير مي شود. حرارت موجب كشته شدن ميكروب ها شده و نگهداري در جاي خنك و در شرايط بدون اكسيژن مانع رشد ميكروب هاي باقيمانده مي شود.

پاستوريزاسيون
 برای پاستوریزاسیون شیر, آن را حداقل تا 72 درجه ی سانتیگراد و به مدت حداقل 15 ثانیه حرارت داده و سپس تا زیر 10 درجه سانتیگراد سرد می کنند.هر چه حرارت بالاتر باشد زمان آن کمتر می شود مثلاً مدت حرارت دهی در 66 درجه ی سانتی گراد 30 دقیقه, 72 درجه 15 ثانیه, 89 درجه 1 ثانیه و 100 درجه 0.01 است.  هرچند از این طریق بیش از 99 درصد باکتری های موجود کشته می شود اما فرآورده کاملاً استریل نیست.میکروب هایی که کشته نشده اند همراه با هر نوع هاگ مقاوم به حرارت،از طریق سرد کردن سریع شیر که پس از پاستوریزاسیون صورت می گیرد غیر فعال می شوند. عمر شیر پاستوریزه محدود و کوتاه بوده و تا تاریخ مصرف باید در یخچال 4 درجه ی سانتیگراد و دور از نور نگهداری شود.

استريليزاسيون
استــريليزاسيون صنعتي براي از بين بردن تمام ميكروارگانيسم هاي موجود در شير انجام مي‌شود. ايــن فرآيند در دماي 120-110 درجه سانتيگراد به مدت 30-10 دقيقه و يا در دماي 150-135 درجه سانتيگراد به مدت چند ثانيه انجام مي شود. شيري كه تحت درجه حرارت بالاتر و طي مـدت زمان كوتاهتر استريل مي شود به شير UHT   يا فرادما موسوم است.شير استريل را مي توان در بسته بندي غير قابل نفوذ به هوا در خارج از يخچال به مدت 6 هفته نگهداري كرد.